Einerseits kannst du als Subtool einen neuen Würfel appenden, diesen auf die richtige Position bewegen und mit Initialize zurecht formen.
Andererseits, wenn du es halbierst, wie du es beschrieben hast, kannst du das loch schliessen.
Das machst du mit 'Close Holes', direkt neben 'DelHidden' in Geometry.
Das gibt aber meist unschöne Ergebnisse.
Daher wär evtl zu empfehlen, eine neue Topology drüber zu legen. So simpel wie möglich, damit hast du dann die erste SubDiv und kannst loslegen.